Không rõ Senakhtenre có phải là con của pharaoh Nubkheperre Intef hay không. Ông có 4 người con: pharaoh Seqenenre Tao và 3 công chúa khác: nữ hoàng Ahhotep I, Ahmose-Inhapiy và Sitdjehuty; cả 3 đều là vợ của Seqenenre Tao. Người phối ngẫu duy nhất của ông là hoàng hậu Tetisheri, không mang dòng máu hoàng gia, nhận danh hiệu "Người vợ hoàng gia vĩ đại" và được gọi là "Mẹ của mẹ tôi" bởi Ahmose I[2], cháu của bà.